本作的时间为西历2074年，也就是前作3年后，世界依然在谜之生物“荒神”的威胁之下。作为芬里尔本部直属研究机关“夫莱亚”所属的特殊部队“BLOOD”的一员，主人公来到了极东地域。在这里，因为最近开始下的谜之血雨而产生了狂暴化的“感应型荒神”，另外，这里的人们染上了一种不治之病……“黑蛛病”在这个被荒神蹂躏的世界，为了守护人们的幸福而战斗的兵士们，他们各自的选择将会带来什么样的命运？在这个没有神的世界，没有终结的战斗再次打响了。